MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Chlamydia trachomatis B/Jali20/OT chromosome

Total Repeats: 20108

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012686	AGG	2	6	18	23	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	237802434
2	NC_012686	GGAT	2	8	57	64	25 %	25 %	50 %	0 %	237802434
3	NC_012686	GAA	2	6	87	92	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	237802434
4	NC_012686	GTTC	2	8	109	116	0 %	50 %	25 %	25 %	237802434
5	NC_012686	GTA	2	6	131	136	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	237802434
6	NC_012686	AGT	2	6	162	167	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	237802434
7	NC_012686	GA	3	6	206	211	50 %	0 %	50 %	0 %	237802434
8	NC_012686	GCGT	2	8	294	301	0 %	25 %	50 %	25 %	237802434
9	NC_012686	AAG	2	6	318	323	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	237802434
10	NC_012686	CAA	2	6	332	337	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	237802434
11	NC_012686	AGT	2	6	358	363	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	237802434
12	NC_012686	GTG	2	6	374	379	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	237802434
13	NC_012686	CAG	2	6	410	415	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	237802434
14	NC_012686	AGTG	2	8	541	548	25 %	25 %	50 %	0 %	237802434
15	NC_012686	TGGC	2	8	575	582	0 %	25 %	50 %	25 %	237802434
16	NC_012686	GCC	2	6	598	603	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	237802434
17	NC_012686	TGC	2	6	657	662	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	237802434
18	NC_012686	ATT	2	6	669	674	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	237802434
19	NC_012686	CGA	2	6	691	696	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	237802434
20	NC_012686	TC	3	6	819	824	0 %	50 %	0 %	50 %	237802434
21	NC_012686	TAT	2	6	833	838	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	237802434
22	NC_012686	AG	3	6	841	846	50 %	0 %	50 %	0 %	237802434
23	NC_012686	GAA	2	6	880	885	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	237802434
24	NC_012686	AGA	2	6	909	914	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	237802434
25	NC_012686	AGA	2	6	963	968	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	237802434
26	NC_012686	CAA	2	6	1036	1041	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	237802434
27	NC_012686	AATG	2	8	1060	1067	50 %	25 %	25 %	0 %	237802434
28	NC_012686	TTG	2	6	1179	1184	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	237802434
29	NC_012686	CTC	2	6	1208	1213	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	237802434
30	NC_012686	GAT	2	6	1270	1275	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	237802434
31	NC_012686	GAT	2	6	1324	1329	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	237802434
32	NC_012686	GAAGGA	2	12	1354	1365	50 %	0 %	50 %	0 %	237802434
33	NC_012686	ATG	2	6	1387	1392	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	237802434
34	NC_012686	CTAT	2	8	1394	1401	25 %	50 %	0 %	25 %	237802434
35	NC_012686	CCT	2	6	1546	1551	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	237802434
36	NC_012686	CTT	2	6	1607	1612	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	237802434
37	NC_012686	CAG	2	6	1672	1677	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	237802434
38	NC_012686	TGA	2	6	1733	1738	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	237802434
39	NC_012686	ATG	2	6	1930	1935	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	237802435
40	NC_012686	GTG	2	6	1936	1941	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	237802435
41	NC_012686	TCC	2	6	1945	1950	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	237802435
42	NC_012686	AGC	2	6	1959	1964	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	237802435
43	NC_012686	T	6	6	1978	1983	0 %	100 %	0 %	0 %	237802435
44	NC_012686	AGC	2	6	1986	1991	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	237802435
45	NC_012686	AAG	2	6	1997	2002	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	237802435
46	NC_012686	TAC	2	6	2035	2040	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	237802435
47	NC_012686	GCT	2	6	2045	2050	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	237802435
48	NC_012686	AGTA	2	8	2083	2090	50 %	25 %	25 %	0 %	237802435
49	NC_012686	AAC	2	6	2143	2148	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	237802435
50	NC_012686	AGA	2	6	2155	2160	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	237802435
51	NC_012686	AGA	2	6	2411	2416	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	237802436
52	NC_012686	ATC	2	6	2418	2423	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	237802436
53	NC_012686	TGC	2	6	2438	2443	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	237802436
54	NC_012686	ATGA	2	8	2487	2494	50 %	25 %	25 %	0 %	237802436
55	NC_012686	GATA	2	8	2525	2532	50 %	25 %	25 %	0 %	237802436
56	NC_012686	CAT	2	6	2562	2567	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	237802436
57	NC_012686	AGA	2	6	2591	2596	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	237802436
58	NC_012686	AAG	2	6	2620	2625	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	237802436
59	NC_012686	GGA	2	6	2655	2660	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	237802436
60	NC_012686	AG	3	6	2747	2752	50 %	0 %	50 %	0 %	237802437
61	NC_012686	ATC	2	6	2784	2789	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	237802437
62	NC_012686	TTTC	2	8	2822	2829	0 %	75 %	0 %	25 %	237802437
63	NC_012686	ATA	2	6	2934	2939	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	237802437
64	NC_012686	AAC	2	6	2959	2964	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	237802437
65	NC_012686	GGT	2	6	3013	3018	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	237802437
66	NC_012686	AAT	2	6	3119	3124	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	237802437
67	NC_012686	TTC	2	6	3154	3159	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	237802437
68	NC_012686	GCA	2	6	3173	3178	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	237802437
69	NC_012686	GGA	2	6	3221	3226	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	237802437
70	NC_012686	CAG	2	6	3240	3245	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	237802437
71	NC_012686	GTT	2	6	3257	3262	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	237802437
72	NC_012686	GGT	2	6	3349	3354	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	237802437
73	NC_012686	GA	3	6	3415	3420	50 %	0 %	50 %	0 %	237802437
74	NC_012686	T	6	6	3422	3427	0 %	100 %	0 %	0 %	237802437
75	NC_012686	AAG	2	6	3507	3512	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	237802437
76	NC_012686	ATT	2	6	3569	3574	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	237802437
77	NC_012686	TTG	2	6	3621	3626	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	237802437
78	NC_012686	CATG	2	8	3703	3710	25 %	25 %	25 %	25 %	237802437
79	NC_012686	AAG	2	6	3732	3737	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	237802437
80	NC_012686	AAG	2	6	3747	3752	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	237802437
81	NC_012686	CAG	2	6	3789	3794	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	237802437
82	NC_012686	GCT	2	6	3860	3865	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	237802437
83	NC_012686	TGTGA	2	10	3875	3884	20 %	40 %	40 %	0 %	237802437
84	NC_012686	TTCC	2	8	4008	4015	0 %	50 %	0 %	50 %	237802437
85	NC_012686	AAG	2	6	4026	4031	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	237802437
86	NC_012686	CAG	2	6	4076	4081	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	237802437
87	NC_012686	GGA	2	6	4163	4168	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	237802437
88	NC_012686	AAT	2	6	4173	4178	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	237802437
89	NC_012686	TTGAA	2	10	4231	4240	40 %	40 %	20 %	0 %	237802438
90	NC_012686	ATT	2	6	4253	4258	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	237802438
91	NC_012686	TGA	2	6	4283	4288	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	237802438
92	NC_012686	TTTA	2	8	4406	4413	25 %	75 %	0 %	0 %	237802438
93	NC_012686	GTA	2	6	4515	4520	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	237802438
94	NC_012686	GAGAA	2	10	4525	4534	60 %	0 %	40 %	0 %	237802438
95	NC_012686	AGA	2	6	4562	4567	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	237802438
96	NC_012686	ATCC	2	8	4706	4713	25 %	25 %	0 %	50 %	237802438
97	NC_012686	GAA	2	6	4746	4751	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	237802438
98	NC_012686	CGT	2	6	4878	4883	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	237802438
99	NC_012686	A	7	7	4922	4928	100 %	0 %	0 %	0 %	237802438
100	NC_012686	GTT	2	6	4929	4934	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	237802438
101	NC_012686	GAAAA	2	10	4962	4971	80 %	0 %	20 %	0 %	237802438
102	NC_012686	A	7	7	4968	4974	100 %	0 %	0 %	0 %	237802438
103	NC_012686	TGA	2	6	5066	5071	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	237802438
104	NC_012686	AT	3	6	5108	5113	50 %	50 %	0 %	0 %	237802438
105	NC_012686	TTACA	2	10	5117	5126	40 %	40 %	0 %	20 %	237802438
106	NC_012686	TTG	2	6	5161	5166	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	237802438
107	NC_012686	TTC	2	6	5302	5307	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	237802438
108	NC_012686	TCT	2	6	5394	5399	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	237802438
109	NC_012686	AGA	2	6	5414	5419	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	237802438
110	NC_012686	GTT	2	6	5441	5446	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	237802438
111	NC_012686	GACG	2	8	5453	5460	25 %	0 %	50 %	25 %	237802438
112	NC_012686	GGT	2	6	5489	5494	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	237802438
113	NC_012686	AAAGCT	2	12	5535	5546	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	237802438
114	NC_012686	TTGG	2	8	5556	5563	0 %	50 %	50 %	0 %	237802438
115	NC_012686	CTC	2	6	5593	5598	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	237802438
116	NC_012686	AGC	2	6	5624	5629	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	237802438
117	NC_012686	ATT	2	6	5743	5748	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	237802439
118	NC_012686	TCT	2	6	5761	5766	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	237802439
119	NC_012686	GCT	2	6	5807	5812	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	237802439
120	NC_012686	GTCTT	2	10	5813	5822	0 %	60 %	20 %	20 %	237802439
121	NC_012686	GAT	2	6	5842	5847	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	237802439
122	NC_012686	TC	3	6	5858	5863	0 %	50 %	0 %	50 %	237802439
123	NC_012686	GA	3	6	5869	5874	50 %	0 %	50 %	0 %	237802439
124	NC_012686	ACG	2	6	5880	5885	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	237802439
125	NC_012686	GAA	2	6	5904	5909	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	237802439
126	NC_012686	TGGA	2	8	5917	5924	25 %	25 %	50 %	0 %	237802439
127	NC_012686	AT	3	6	5973	5978	50 %	50 %	0 %	0 %	237802439
128	NC_012686	AGA	3	9	5981	5989	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	237802439
129	NC_012686	GCT	2	6	5990	5995	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	237802439
130	NC_012686	AGA	2	6	5999	6004	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	237802439
131	NC_012686	TGG	2	6	6035	6040	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	237802439
132	NC_012686	AGA	3	9	6053	6061	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	237802439
133	NC_012686	GGA	2	6	6062	6067	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	237802439
134	NC_012686	TG	3	6	6126	6131	0 %	50 %	50 %	0 %	237802439
135	NC_012686	T	6	6	6204	6209	0 %	100 %	0 %	0 %	237802439
136	NC_012686	TCA	2	6	6247	6252	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	237802439
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139	NC_012686	CTT	2	6	6344	6349	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	237802439
140	NC_012686	CTG	2	6	6350	6355	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	237802439
141	NC_012686	CAG	2	6	6505	6510	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	237802439
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152	NC_012686	GTT	2	6	8061	8066	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	237802441
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154	NC_012686	T	6	6	8279	8284	0 %	100 %	0 %	0 %	237802441
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172	NC_012686	AAAG	2	8	9302	9309	75 %	0 %	25 %	0 %	237802442
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252	NC_012686	ATA	2	6	13067	13072	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	237802445
253	NC_012686	T	6	6	13140	13145	0 %	100 %	0 %	0 %	237802445
254	NC_012686	ATA	2	6	13159	13164	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	237802446
255	NC_012686	GTTT	2	8	13167	13174	0 %	75 %	25 %	0 %	237802446
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262	NC_012686	TTC	2	6	13482	13487	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	237802446
263	NC_012686	AG	3	6	13515	13520	50 %	0 %	50 %	0 %	237802446
264	NC_012686	ATGC	2	8	13597	13604	25 %	25 %	25 %	25 %	237802446
265	NC_012686	TGA	2	6	13637	13642	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	237802446
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398	NC_012686	GTTGT	2	10	20924	20933	0 %	60 %	40 %	0 %	237802452
399	NC_012686	TGC	2	6	20973	20978	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	237802452
400	NC_012686	AAGAT	2	10	22036	22045	60 %	20 %	20 %	0 %	237802453
401	NC_012686	A	6	6	22105	22110	100 %	0 %	0 %	0 %	237802453
402	NC_012686	CTTTTT	2	12	22138	22149	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	237802453
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497	NC_012686	T	7	7	27687	27693	0 %	100 %	0 %	0 %	237802455
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